依行政院核定之「核能發電後端營運基金收支保管及運用辦法」，核能發電後端營運基金管理會，置召集人1人，由經濟部部長派員兼任之；委員8至14人，由經濟部就有關機關(構)、團體代表、學者、專家聘兼之。
會務執行組織置執行秘書一人；分財務組、會計組及業務組辦事，由經濟部及台電公司派員專任或就現職人員兼任之。其組織系統如下：
組織架構
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